合肥工業大學建筑工程系已有70多年悠久的辦學歷史和優良的辦學傳統，最初起源于1945年成立的安徽省立蚌埠高級工業職業學校土木科，是合肥工業大學創辦最早的三個專業之一。

現有土木工程（建筑工程方向）本科專業，結構工程、防災減災及防護工程二級學科碩士學位授權點；建筑與土木工程專業（工程）碩士學位授權點；結構工程、防災減災及防護工程二級學科博士學位授權點；土木工程一級學科博士后流動站。結構工程是安徽省重點學科。土木工程專業是國家級特色專業，也是國家首批“卓越工程師培養計劃”試點專業。先后在1997年、2002年、2007和2011年共四次通過了全國土木工程專業教育評估。建筑工程系每年招收土木工程專業建筑工程方向本科生約200人，招收結構工程專業的博士研究生、碩士研究生約100人，防災減災工程專業碩士研究生10人。學生主要來自全國三十個省市地區，生源質量好，入學分數高。

一直堅持高標準嚴要求的辦學方針、重視師資隊伍建設，加強青年教師培養。全系現有專職教師27人，其中教授7人，副教授9人，講師11人；教育部新世紀人才1人，黃山青年學者2人。職稱結構合理，師資力量雄厚，主要來自清華大學、同濟大學、浙江大學、東南大學、香港大學、華中科技大學等全國重點高校。教師中博士學歷及在讀博士生22人，碩士學歷5人，在國內同類專業中屬于較高水平。特別是多位教師為 “雙師型”教師，具有國家一級注冊結構工程師資質12人，國家注冊監理工程師和造價工程師等資質5人。

對學生堅持“厚基礎、寬口徑、善創新、高素質”的原則，培養通專結合的復合型人才。重視本科教學，建立完整的教學體制。目前課程體系由通識教育課程系列、學科基礎課和專業必修程系列、專業選修課系列、實踐環節四個部分組成。多年來已培育出國家級精品課程《工程結構抗震設計》等。同時教學中注重提高學生的實踐能力，培養創新精神，設置生產實習、畢業實習、實驗操作、課程設計和畢業設計多個實踐環節。多次參加學科競賽，在全國及華東地區高校結構設計大賽中屢創佳績，獲得二等獎2項和三等獎5項。

堅持教學與科研相結合，依托安徽土木工程結構與材料省級重點試驗室，主持國家自然科學基金重大研究計劃、國家自然科學基金面上項目、國家自然科學基金青年科學基金、教育部新世紀人才計劃、教育部博士點基金、國家外專局引進國外技術管理人才項目、建設部研究開發項目、安徽省自然科學基金等100余項科研課題。同時參與工程實踐和社會服務，主要從事工程咨詢、設計、監理、檢測和培訓等工作，代表性工程有合肥新橋機場、合肥濱湖會展中心、馬鞍山長江大橋、合肥鐵路樞紐南環線工程南淝河特大鋼橋和經開區特大鋼橋、合肥渡江戰役紀念館、池州體育館、黃山路再生利用、安徽省校舍鑒定加固等。

建筑工程系70多年來為國家培養和輸送了大批土木建筑高級技術人才，其中多位杰出校友已成為政府、高校、設計院、企業的領導和業務骨干，擔負和完成許多國家及地區重大、重點工程項目和科研項目，為振興中國的建筑事業做出突出貢獻。